מדובר במוזיאון השלישי בגודלו בישראל העוסק בשואה כאשר חלק נכבד ממבקריו הם תלמידי המועצה האזורית חוף אשקלון. מעת לעת, במסגרת סיורים וימי עיון של שיעורי היסטוריה, הם מבקרים בו ולומדים על הפרק הקשה בתולדות העם היהודי ועל הצעדים הראשונים בדרך להקמת המולדת. ביד מרדכי גם מתקיימת עצרת הזיכרון הממלכתית הנועל את יום הזיכרון לשואה ולגבורה.

חיים פודנסקי, סמנכ"ל המוזיאון, אמר היום: "בעידן הדיגיטלי יותר נוח להנגיש לתלמידים כי אפשר להציג סרטונים ומדיה שלא היתה קיימת לפני שנים. למשל, השואה נתפסת כמשהו שהוא 'שחור לבן' והיום רבים מהסרטים דוגמים והופכים אותם לצבעוניים ויותר קל לתלמידים ובכלל לאוכלוסייה, להיכנס לנושא כשהוא בצבע מאשר בשחור לבן כי הוא נראה יותר מוחשי". יש ימי עיון נוספים במוזיאון, למשל יום עיון לזכרו של ודיסלב קובלסקי חסיד אומות העולם שקבור בקיבוץ.

ביום העיון למדריכי המסע לפולין התקיים שיח מחנכים על הרלוונטיות של הנושא "משואה לתקומה" בשיח הישראלי ועל החיבור ביניהם. בהמשך, התקיים סיור ופעילות במוזיאון ואתרי ההנצחה, הרצאה של ורד בר סמך אוצרת המוזיאון על "תולדות התפתחות מפעל ההנצחה ביד מרדכי". פרופ' אבינעם רוזנק הרצה על "הגות יהודית בעולם של פוסט שואה-מגמות סותרות".

  גיא טיומקין מנכ"ל המוזיאון  צילום יאיר הרוש

בצילום: גיא טיומקין מנכ"ל המוזיאון.